Casou-se com o seu primo em segundo-grau, o príncipe Fernando de Aragão e, devido ao seu parentesco próximo, tiveram de pedir permissão ao Papa. No entanto, com a ajuda de Rodrigo Bórgia, o papa Sisto IV acabou por aceitar o casamento, uma vez que considerava a união conveniente para os interesses da Igreja. Isabel e o seu marido Fernando criaram as bases para a unificação política da Espanha através do seu neto, Carlos I, que se tornaria imperador do Sacro Império Romano.

 

Depois de uma luta para reclamar o seu direito ao trono, Isabel reorganizou o sistema de governo e da administração, centralizando competências ostentadas anteriormente pelos nobres; reformou o sistema de segurança dos cidadãos de tal forma que a taxa de criminalidade desceu drasticamente e levou a cabo uma reforma económica para reduzir a divida que o reino tinha herdado do seu meio-irmão e predecessor no trono, Henrique IV.

 

As suas reformas e as que realizou com o marido, tiveram grande influência mesmo fora das fronteiras dos seus reinos. Juntamente com o seu marido, Isabel participou na guerra de Granada através da qual conseguiram reconquistar terras muçulmanas, expulsando-os assim da Península Ibérica.

 

Posteriormente decretaram também a expulsão dos judeus da região através do Decreto de Alhambra. Por estas medidas, tanto Isabel como o seu marido foram reconhecidos pela Santa Sé como "defensores ou protectores da fé", recebendo o título de Reis Católicos.